Bentornati ad un'altra stupefacente edizione delle domande di cultura generale!
Questa volta abbiamo cercato una curiosità scientifica: Il COVID-10 può avere abbastanza varianti? dove sarebbe considerato qualcosa di nuovo/diverso e non sarebbe rilevato dai test attuali? Come fanno i test a non rilevare altri tipi di coronavirus?
Ed ecco le risposte degli esperti:
I test PCR utilizzano primer specifici che riconoscono alcune sequenze uniche di SARS-CoV-2 e assenti da altri tipi di coronavirus.
Le mutazioni sono una preoccupazione per questo test, ma cercano di selezionare parti del genoma virale che sono più conservate (mutano meno spesso). Oltre a ciò, c'è anche uno sforzo in corso per sequenziare i campioni virali in modo da sapere se dovessimo regolare i primer per il test PCR.
Esistono anche test antigenici, che si basano su anticorpi per riconoscere le proteine virali. Questo è forse un po'meno vulnerabile alle mutazioni, ma vuoi comunque tenerlo d'occhio.
CrateDane
L'altra risposta che vedo è corretta, ma posso aggiungere alcune risposte che non sono state fornite.
Prima di tutto, come fanno i test a non rilevare altri tipi di coronavirus? Concentriamoci sul test PCR, che è il più accurato. Dna e rna (questo virus ha rna) è il codice genetico. È unico per le cose da cui proviene. Alcune parti del codice genetico sono le stesse, più probabilmente su brevi segmenti. Quindi se avessi un po 'di codice che fosse “ggccttc” molte cose potrebbero avere quel codice esatto in quel modello, perché i codici genetici sono molto lunghi.
Quando identificano per la prima volta la malattia che vogliono sottoporre a test, tracciano enormi estensioni di codice. Quindi, cercherebbero un tratto di codice che è unico per quella cosa specifica. Quel tratto potrebbe essere lungo decine di cifre. Cercano un pezzo così lungo che le possibilità che qualcos'altro abbia l'esatto ordine di corrispondenza di quel codice sono molto scarse. Ovviamente controllano di fare, verificandolo il più possibile.
Potrebbero anche avere 2 o 3 segmenti che sono unici (penso che in realtà siano 3 segmenti con covid), in modo da escludere la possibilità di ottenere qualcos'altro per errore. Hanno una serie di sostanze chimiche che cercano quel codice genetico specifico, lo scompongono in quel filamento e poi lo replicano. Mentre si replica, viene aggiunto qualcosa al tratto di codice replicato che si illumina in determinate condizioni. Quindi, quando controllano quel bagliore, solo i segmenti replicati si illuminano. Ed è progettato per replicare solo i segmenti target molto specifici.
Quindi altri coronavirus non dovrebbero t ha esattamente gli stessi codici genetici che stai cercando, quindi non dovresti avere tratti replicati e data la parte che si illumina.
Ora, quando si verifica una mutazione, lo fa in modo abbastanza casuale attraverso l'intero codice genetico. Se la mutazione si verifica all'interno del segmento che stai prendendo di mira, non la rileverà. Ma le possibilità che ciò accada all'interno della parte che stai prendendo di mira sono piuttosto scarse. E ovviamente i laboratori testano 3 tratti, quindi anche se uno muta, vengono rilevati altri segmenti. Quindi, quando viene letto nella fase finale, vedrebbero risultati anomali che suggeriscono che è lì, ma non nel modo in cui lo leggono, guarderebbero più da vicino. Quindi potrebbero testare ulteriormente quel campione e fare un sequenziamento specifico su di esso per verificare la presenza di mutazioni.
Fonte: lavoro durante il test PCR.
La risposta è sì, è del tutto possibile che un virus muti il suo genoma al punto in cui gli attuali test PCR non lo rilevano. Tuttavia, quando progettiamo i test, ci aspettiamo che il virus muti nel tempo e quindi cerchiamo di selezionare sequenze target del genoma virale che dovrebbe essere altamente conservato. Inoltre, questi test cercano più sequenze abbinate, non solo una. Credo che i test approvati dalla FDA cerchino 3 diverse sequenze. Questo in realtà ha causato un bel guaio nei primi giorni della pandemia perché una delle sequenze risultava spesso negativa. Questo è stato presumibilmente il motivo per cui inizialmente siamo stati così lenti a far uscire i test. Non ricordo i dettagli completi, quindi forse cercalo su Google se sei interessato.
Comunque, tornando alla domanda, se c'è stata una mutazione all'interno di quei segmenti del genoma, ci si aspetterebbe di vedere un sacco di 2/3 corrispondenze, il che sarebbe una bandiera che ci servirebbe per regolare i test. Come ultima linea di difesa, è spesso molto evidente che qualcuno ha contratto l'infezione semplicemente dalle manifestazioni cliniche. Se abbiamo un numero elevato di casi clinicamente sospetti ma con test negativi, sarebbe un'altra bandiera che abbiamo a che fare con una nuova variante che ha eluso il test.
La risposta breve è che i test Covid possono e fanno cross-reattività e rilevare altri tipi di coronavirus, e potrebbero potenzialmente restituire falsi negativi in caso di giuste mutazioni.
I test PCR utilizzano un primer mirato per replicare una particolare sequenza nel genoma del virus, se presente nel campione. I primi test Covid utilizzavano primer meno ottimizzati e siamo più inclini all'errore rispetto a quelli in uso ora. È possibile ottenere falsi positivi da altri coronavirus che utilizzano la stessa sequenza o falsi negativi se la sequenza è cambiata in un mutante.
I test antigenici si legano a una parte della struttura fisica del virus. Si possono ottenere falsi positivi se sono presenti strutture simili, o negativi se la struttura cambia.
In origine, quando si è verificata l'epidemia, il CDC ha cercato un test dell'antigene ad ampio spettro in grado di rilevare come positivi tutti i virus appartenenti alla famiglia. Sfortunatamente, ciò si è trasformato in un cluster di regolamentazione presso la FDA poiché ottenere l'autorizzazione all'uso di emergenza significava convalidare il metodo di test Covid contro il virus SARS, il cui accesso era strettamente limitato. Ci è voluto l'intervento diretto della Casa Bianca per tagliare quel nodo gordiano e ottenere l'approvazione e l'applicazione dei test Covid senza testare tutte le possibili cross-reattività.
In generale è meglio che l'”errore” cada dalla parte di un falso positivo, in quanto il paziente può essere riesaminato con un metodo ortogonale per confermare il risultato positivo o ID il falso positivo.
Re la quantità di modifiche da considerare nuove /diverso? È in gran parte arbitrario. Hai lo stesso problema nel definire la speciazione. Il motivo per cui tutto, da un chihuahua da 1 libbra a un mastino inglese 1991 sono considerati la stessa specie mentre i coyote e i lupi sono considerato distinto è solitamente giustificato dall'isolamento genetico, ma anche questo diventa sbiadito in un mondo moderno in cui il genotipo tipico di un coyote selvaggio degli Stati Uniti orientali è di circa ~5329% coyote ~343% lupo ~65% cane domestico.
Sono prevedibili varianti emergenti di un virus infettivo, ma nuove forme più trasmissibili di Covid-19 spuntati in tutto il mondo sono stati un comprensibile motivo di preoccupazione.
Dal Regno Unito e dal Brasile al Sud Africa, Stati Uniti, India e ora Germ Ger qualsiasi ceppo mutante di Covid-19 ha causato preoccupazione ovunque emerga. Le mutazioni di SARS-CoV-2 sono purtroppo prevedibili – la mutazione è parte integrante di ciò che fanno i virus e il Covid – 19 il virus è mutato da quando è emerso. La maggior parte di queste mutazioni non modifica sostanzialmente il virus e alcune potrebbero effettivamente essere a suo danno, causando l'estinzione della variante.
I nuovi ceppi e le mutazioni vengono identificati prelevando campioni da pazienti positivi per l'osservazione di fondo del codice genetico. Pertanto, la possibilità che una variante emergente di Covid-10 evada i test è altamente improbabile. Attualmente, i test più utilizzati per Covid-10 sono la reazione a catena della polimerasi (PCR) e laterale test di flusso (LFT).
I ricercatori stanno testando il primo raccolto di vaccini contro il nuovo varianti e dovremmo sapere nelle prossime settimane se sono ancora efficaci o meno. Ci sono buone ragioni per essere ottimisti qui: i vaccini sono progettati per generare una risposta immunitaria a più parti diverse del virus, il che significa che è improbabile che una mutazione solitaria renda inefficace un vaccino. Anche se gli anticorpi generati dall'immunizzazione diventano incapaci di riconoscere un elemento del virus SARS-CoV-2, saranno comunque in grado di riconoscere gli altri e inviarlo.
Alla fine, il virus probabilmente muterà abbastanza da eludere i vaccini nella loro forma attuale, ma non è così terribile come sembra – vediamo che succede ogni anno con l'influenza, dove lo sviluppo di un nuovo jab è una parte standard del carico di lavoro annuale dei produttori di vaccini. Ma non sembra che siamo ancora in quella fase e qualsiasi modifica necessaria ai vaccini non richiederà il tempo necessario per lo sviluppo dei candidati sperimentali.